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George Montandon est le fils de James Montandon, industriel, et de Cornélie Philippine Catherine Rehfuss. Son père, James Montandon, de La Brévine, né en 1846, fut conseiller municipal à Colombier en 1888, puis député au Grand Conseil du Canton de Neuchâtel en 1889.
George Montandon, le plus jeune de quatre enfants, fait des études de médecine à l'université de Genève, puis à l'université de Zurich où, de 1906 à 1908, il pratique la chirurgie à la clinique universitaire. Après son service militaire, il se prend de passion pour l'anthropologie. Il se rend à Hambourg, puis à Londres et décide de devenir explorateur. À trente ans, en octobre 1909, il s'embarque à Marseille pour l'Éthiopie qu'il va visiter en 1910.

De retour d'Éthiopie, il s'installe comme médecin à Renens (Vaud). En 1914, il s'engage comme volontaire dans un hôpital français de Bourg-en-Bresse, où il remet en pratique sa formation de chirurgien, puis rentre en Suisse en 1916. En 1919 il étudie au Musée d'ethnographie de Genève la généalogie des instruments de musique et les « cycles de civilisation ».

Attiré par la révolution bolchévique de 1917, Montandon se rend en Union soviétique en 1919, chargé par la Croix-Rouge d'organiser le rapatriement par Vladivostok de prisonniers de guerre autrichiens retenus en Sibérie. Il en profite pour étudier les derniers Aïnous de l'île Sakhaline et les Bouriates du lac Baïkal. À Vladivostok, il épouse une Russe communiste de 22 ans, Maria Konstantinovna Zviaguina, dont il aura trois enfants.

En 1921, le Conseil d'État de Neuchâtel refuse, officiellement pour des raisons économiques mais probablement plutôt pour des raisons politiques, de ratifier sa nomination comme professeur d'ethnologie à l'Université de Neuchâtel. En effet, Montandon, revenu en Suisse, était favorable à la révolution bolchévique et était devenu membre du Parti communiste suisse. Des rumeurs l'accusent de recevoir de l'argent des services secrets soviétiques. Il dénonce l'esclavage en Abyssinie et le génocide des Indiens aux États-Unis.


En 1925, il s'installe à Paris, où il travaille au Muséum national d'histoire naturelle, et écrit dans la revue communiste Clarté, dirigée par Henri Barbusse.

En 1929, Montandon publie L'Ologenèse humaine, une nouvelle théorie de l'évolution, ouvrage bien accueilli.

En 1931, il entre à l'École d'anthropologie. En 1933, il occupe la chaire d'ethnologie et il publie La Race, les races chez Payot. La classification des races proposée par Montandon est encore présentée en 1965 comme une référence.

Nommé en 1936 conservateur du Musée Broca, et déçu par le Front populaire, peut-être pour des raisons plus personnelles que politiques, il se tourne vers l'antisémitisme et correspond alors avec des antisémites réputés comme Henri-Robert Petit, Léon de Poncins et Armand Bernardini. L'ouvrage de Céline Bagatelles pour un massacre est clairement influencé par les travaux de Montandon, qui est même cité dans L'École des cadavres.

Chez Denoël, l'éditeur de Céline aux Nouvelles Éditions françaises, Montandon inaugure en novembre 1940 la collection « Les Juifs en France » en publiant Comment reconnaître le Juif ? . Il s'agit d'une brochure rassemblant des citations de Louis-Ferdinand Céline, Édouard Drumont, Guy de Maupassant, Jules Michelet, Frédéric Mistral, Ernest Renan, Adolphe Thiers, Voltaire et Émile Zola. En juillet 1940, il devient directeur de la revue L'Ethnie française, financée par l'Institut allemand de Paris, puis par le Commissaire aux questions juives, Darquier de Pellepoix. Il y publie des articles sur l'« ethnie juive ».

En octobre 1941, il contribue à l'organisation de l'exposition du Palais Berlitz,  Le Juif et la France, où l'on cherche à apprendre à tout un chacun « comment reconnaître un juif ? ». À partir de décembre 1941, il est attaché au Commissariat général aux questions juives en qualité d’ethnologue, pour pratiquer des « visites raciales », dont les conclusions sont adressées aux autorités de police de Vichy. En cas de doute au sujet de certains internés au camp de transit de Drancy, Montandon se déplace à la demande des autorités pour y pratiquer des « examens anthropométriques » à l'issue desquels il délivre ou non un « certificat d'appartenance à la race juive » valant libération ou déportation. Quelle qu'en soit l'issue, cette consultation était facturée aux intéressés 300, puis 400 francs, hors frais de déplacement.

En 1943, la direction de l’Institut d'études des questions juives et ethnoraciales (IEQJR) est confiée à George Montandon, qui est chargé du cours d'« ethnoraciologie judaïque ». Montandon fait distribuer sa traduction, destinée aux étudiants en médecine, du Manuel d'eugénique et d'hérédité humaine du nazi Otmar von Verschuer, responsable de l'Institut d'anthropologie à Berlin.

La maison de Montandon à Clamart est investie par des Résistants le 3 août 1944. Sa femme est tuée et Montandon serait également mort à ce moment.

Cependant, selon Céline, Montandon n'aurait été que blessé et transporté d'abord à l'hôpital Lariboisière, qui était alors sous administration allemande, puis en Allemagne où il serait mort le 30 août à l'hôpital Karl-Weinrich-Kranhenhaus de Fulda, peut-être des suites d'un cancer en plus des blessures reçues à Clamart.